安徽中医学院第一附属医院是安徽省内领先的中医医院，集医疗、教学、科研于一体。其组织结构体现了中医特色与现代医院管理的结合，主要分为以下几个部分：

一、党政管理机构

1. 党委系统

   • 党委办公室、纪委、组织部、宣传部等，负责医院党建和纪检监察工作。

2. 行政系统

   • 院长/副院长：全面负责医院管理工作。

   • 院办公室：协调各部门工作。

   • 医务处：医疗质量管理。

   • 护理部：护理工作管理。

   • 人力资源部：人事管理。

   • 财务部：财务管理。

   • 科教部：科研与教学管理。

二、临床科室

1. 内科系列

   • 心血管内科、呼吸内科、消化内科等。

2. 外科系列

   • 普通外科、骨科、泌尿外科等。

3. 特色科室

   • 针灸推拿科、中医妇科、中医儿科等。

三、医技科室

• 检验科：临床检验。

• 影像科：放射、超声等影像诊断。

• 药剂科：药品管理。

四、科研与教学

1. 重点实验室

   • 中医药研究实验室等。

2. 临床教学基地

   • 承担安徽中医学院学生的临床教学任务。

五、支撑部门

• 信息中心：医院信息系统管理。

• 后勤保障部：后勤服务。

• 保卫科：安全管理。