牡丹江医学院附属第二医院是一所集医疗、教学、科研、预防、康复为一体的综合性医院。其组织结构设计旨在高效服务患者，同时支持医学教育和科研工作。以下是其主要的组织架构：

一、党政管理机构

1. 党委系统

   • 党委办公室、纪委、组织部、宣传部等，负责医院党建和纪检监察工作。

2. 行政系统

   • 院长/副院长：全面负责医院管理工作。

   • 院办公室：协调各部门工作。

   • 医务科：医疗质量管理、医疗安全。

   • 护理部：护理工作管理。

   • 人事科：人力资源管理。

   • 财务科：财务管理。

   • 科教部：科研与教学管理。

二、临床与医技科室

1. 内科系列

   • 心血管内科、呼吸内科、消化内科等。

2. 外科系列

   • 普通外科、骨科、神经外科等。

3. 专科系列

   • 妇产科、儿科、眼科、耳鼻喉科等。

4. 医技科室

   • 放射科、检验科、超声科等。

三、科研与教学机构

1. 临床教学基地

   • 承担牡丹江医学院的临床教学任务。

2. 科研中心

   • 开展医学科学研究。

四、支撑保障部门

• 信息科：医院信息化建设。

• 后勤保障科：后勤服务与保障。

• 保卫科：安全保卫工作。

五、特色服务

1. 急诊科：24小时急诊服务。

2. 健康管理中心：提供健康体检服务。

3. 康复医学科：康复治疗服务。