南京军区机关医院作为军队医院的重要组成部分，其组织结构体现了军事医疗单位的特色，主要包括行政管理、临床医疗、科研教学及后勤保障等部门。以下是其组织结构的概述：

一、党政军管理机构

1. 党委系统

   • 党委办公室、纪委、政治工作部等，负责党建和军队政治工作。

2. 行政系统

   • 院长/副院长：全面负责医院运营。

   • 医务部：医疗质量与安全。

   • 护理部：护理工作管理。

   • 人力资源部：人员调配与管理。

   • 财务部：经费管理。

二、临床与医技科室

1. 内科系列

   • 心血管内科、呼吸内科、消化内科等。

2. 外科系列

   • 普通外科、骨科、神经外科等。

3. 专科系列

   • 妇产科、儿科、眼科、耳鼻喉科等。

4. 医技科室

   • 放射科、检验科、药剂科等。

三、科研与教学机构

1. 科研部

   • 负责科研项目管理与成果转化。

2. 教学培训部

   • 医学生、住院医师的培训与继续教育。

四、后勤保障部门

• 后勤部：物资供应、设备维护。

• 保卫科：安全管理与保密工作。

五、特色服务

1. 军人优先服务：为军队人员及家属提供优先医疗服务。

2. 应急医疗队：参与军事与非军事应急医疗救援。